Construită în stil gotic, în secolul al XV-lea, biserica de pe strada Șelarilor a aparținut ordinului religios al clarisselor.
După instaurarea reformei luterane, călugărițele au fost alungate, iar biserica ajunge depozit de cereale, fiind lăsată pradă degradării. La 12 februarie 1716, generalul Steinville donează biserica călugărilor franciscani, recent stabiliți în Sibiu și aflați în căutarea unui spațiu corespunzător pentru practicarea cultului, iar aceștia o restaurează după canonul baroc.
Biserica măsoară aproximativ 36 de metri lungime și 16,5 metri lățime, iar turnul său este înalt de 21,4 metri.
În subsolul bisericii se găsesc vechi cripte, iar vizitatorii pot vedea pietrele funerare ale unor mari personalităţi din Sibiul secolelor XVII-XVIII, precum generalul conte Damian Hugo von Virmond (1666-1722), comandant militar al Transilvaniei, guvernatorul Johann Haller și soția acestuia, ori generalii Steinville, Viard, Virmond, Antonius Gyulai şi Ensemberg. Deosebit de valoroasă este sculptura gotică din lemn policrom, datată în secolul al XV-lea, reprezentând o Madonă cu Pruncul, realizată de o călugăriţă.
Dr. Adrian Stoia, un cercetător avid al arhitecturii religioase din această zonă a țării, scoate în evidență aspecte interesante din pictura medievală a acestei biserici:
„În urma renovărilor şi restaurării picturii identificate pe suprafața peretelui sudic al bisericii franciscane din Sibiu, a fost adusă la lumina zilei fresca ce odinioară împodobea această biserică medievală. Monumentul actual, amplasat pe str. Șelarilor nr. 14 din Sibiu, se compune dintr-o navă rectangulară continuată de un cor poligonal și un turn amplasat lângă biserică în partea de sud-vest. Ansamblul este sprijinit la exterior pe contraforturi și include câteva construcții alipite monumentului ecleziastic, sediul de altădată al mănăstirii. Sursele documentare menționează în secolul al XIV-lea existența aici a unei mănăstiri de călugărițe cu hramul Sf. Maria Margareta care, în anul 1510, număra 24 de surori. Edificiul a fost înstrăinat către conducerea orașului Sibiu și transformat în magazie apoi, din anul 1716, restaurat și resfințit cu hramul Sf. Francisc.
În urma restaurărilor efectuate în ultimii ani, a fost adusă la lumina zilei pictura medievală, desfășurată pe suprafața peretelui de sud al navei, în două registre suprapuse. În registrul superior, încadrată între imaginea lui Iisus binecuvântat de Dumnezeu Tatăl și Sfântul Duh, între îngeri cu Instrumentele Patimilor în mâini și o teorie de sfinți, între care pot fi identificați Sf. Valentin și Nicolae, este reprezentată tema Martiriul Sf. Ursula.
Scena, păstrată lacunar și obturată parțial de adosarea unui stâlp în nava monumentului, ilustrează corabia în care călătoresc însoțitoarele sfintei Ursula împreună cu înaltul demnitar apostolic. Nava de transport este înconjurată de diferite personaje între care, în prim plan, un militar cu arcul în mâini, săgetând pasagerii corabiei. Nava de transport persoane are bordajul confecționat din file de lemn transpuse orizontatal, iar la prova sau la pupa, fiind prevăzut un spațiu suplimentar. Etrava provei este de formă semicirculară, lacunele din zona mediană lăsând loc interpretării posibilității existenței unui catarg cu velă. Imaginea vasului se încadrează tipologic navelor reprezentate în scene similare.” (Adrian Stoia, „Date noi cu privire la mijloacele de transport pe apă ilustrate în fresca bisericilor medievale din sudul Transilvaniei”, în „Cultura medieșană – VII”, Mediaș, 2018)
Astăzi, lăcașul de cult este administrat de Biserica Romano-Catolică, iar slujbele religioase se mai organizează doar ocazional, însă vizitele sunt permise la cerere, intrarea fiind pe bază de donație.